Il lavoro di tesi è sviluppato dal singolo specializzando, o in piccoli gruppi, e riguarda un edificio o un sito di interesse culturale di loro scelta, spesso oggetto anche di convenzioni tra la Scuola e i soggetti proprietari interessati al suo restauro. Ciò consente agli allievi di poter usufruire delle attrezzature e dell'assistenza di competenze specialistiche interne all'Università. Il lavoro consiste in un progetto definitivo di restauro, elaborato sulla base di rilievi e di fasi analitiche e diagnostiche che rispecchiano le attività del primo anno di corso e, soprattutto, le norme vigenti in materia. Il progetto deve essere accompagnato da una relazione tecnica che ne chiarisca anzitutto le premesse metodologiche e culturali e gli obiettivi e deve essere completo di tutti gli elaborati grafi ci necessari, fino ai dettagli costruttivi, con la descrizione puntuale e analitica delle tecniche di intervento e delle lavorazioni previste in ambito conservativo oltre che delle nuove opere eventualmente previste. Il progetto deve inoltre comprendere le specifiche tecniche di capitolato ed elementi di valutazione economica.        
Spesso le tesi degli specializzandi hanno dato avvio alla ricerca di fonti di finanziamento necessarie per l'attuazione degli interventi ipotizzati e, nei casi più felici, i neo-specializzati hanno anche avuto l'occasione di seguirne in prima persona le fasi di progettazione esecutiva e di realizzazione.

Di seguito è possibile consultare l'elenco delle tesi di specializzazione discusse dal 1997 ad oggi.