Fin dal primo anno di attivazione della Scuola (1994/95), la didattica dell’insegnamento, allora affidato al prof. Tiziano Mannoni, è stata organizzata su base settimanale, alternando lezioni in aula, dedicate ai metodi e agli strumenti a carattere archeologico utili per studiare in modo oggettivo l’architettura esistente, ad esemplificazioni e sopralluoghi nel centro storico di Genova, per verificare nella pratica l’applicabilità degli strumenti illustrati. 
Da subito il corso si è avvalso della collaborazione dei ricercatori dell’Istituto di Storia della Cultura Materiale (ISCUM), associazione culturale genovese fondata dallo stesso Tiziano Mannoni, a cui si deve l’invenzione e la messa a punto di alcuni degli strumenti di datazione archeologica e archeometrica illustrati nelle lezioni. Nel quadro di una convenzione esistente tra l’allora Istituto di Costruzioni, a cui Mannoni afferiva, e l’ISCUM, ad essi era demandato il compito di affiancare il docente nelle attività in programma, illustrando le loro ricerche più recenti.

È nata così la formula del “Corso intensivo di Archeologia dell’architettura”, rivolto sia agli studenti della Scuola di Specializzazione di Genova, sia a quelli della omologa Scuola attiva presso il Politecnico di Milano. Questi ultimi, da allora, hanno continuato a venire a Genova per seguire il corso, inizialmente con cadenza annuale e, a partire dall’A.A. 2012/13, con cadenza biennale. Come spiegava il programma dell’A.A. 1994/95, ad una prima parte dedicata alla presentazione dello schema operativo utilizzato in Liguria dagli anni ’70 nelle ricerche dell’ISCUM e alla sequenza delle operazioni necessarie alla conoscenza e alla comprensione dell’oggetto architettonico, seguiva l’illustrazione di come si procede all’analisi stratigrafi ca di un edificio e di come si costruiscono e funzionano i metodi diretti di datazione assoluta (cronotipologie, mensiocronologie, dendrocronologia, etc.). Dal momento che non è possibile interpretare correttamente ciò di cui non si conosce la natura, uno spazio era dedicato alla proiezione di filmati, inerenti la lavorazione di alcuni materiali ed elementi architettonici (ad es. la squadratura di un concio, la realizzazione di un pannello ad affresco), appositamente realizzati da Mannoni a scopo didattico. L’ampia casistica riscontrata nel centro storico genovese, con le sue case fortemente stratificate risalenti al basso Medioevo, era poi utilizzata per illustrare le diverse condizioni in cui si possono svolgere le ricerche, secondo lo stato dell’edificio (“conservato, stonacato, restaurato, intonacato”), evidenziando i conseguenti problemi di lettura e interpretazione. Il coinvolgimento dello SMAA - Settore di Mineralogia Applicata all’Archeologia e del Laboratorio di Archeologia dell’architettura (poi confluito nel Laboratorio MARSC), con i suoi campionari di materiali storici, permetteva di condurre ulteriori esemplificazioni pratiche.